长春市住房公积金管理中心内设八个处(室)分别为:办公室、人事处、归集处(稽查处)、会计处、信息处、法规处、稽核处、提取处。按照《中国共产党章程》和有关规定设置机关党委。
长春市住房公积金管理中心下设八个分中心、十四个分理处:
朝阳分中心、南关分中心、 绿园分中心、经开分中心、高新分中心、铁路电力分中心、贷款经办中心、综合服务中心。
双阳分理处、九台分理处、农安分理处、榆树分理处、德惠分理处、吉林分理处、四平分理处、通化分理处、白城分理处、图们分理处、公主岭分理处、松原分理处、梅河口分理处、白山分理处。